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中國學者如何發高水平綜述文章-記(上海交大趙立平)

時間:2014-05-05來1源:博士人才網 作者:91boshi
不久前,武夷山老的博文

引發了關于為何中國學者發表的高水平綜述偏少的熱議,《科技導報》記者李娜對此撰寫了報道,發表在2014年第10期上,題目是,“中國高水平綜述緣何產量低”。

 

       如果把在《自然》雜志的Nature Reviews系列刊物發表綜述看作是比較高水平的綜述的話, 我國學者第一篇該系列的綜述是2003年由當時的北京基因組研究所,現在的深圳華大基因研究院的王俊為第一作者發表在Nature Reviews Genetics上的。從那一年開始,中國學者在Nature Reviews系列刊物發表綜述的數量逐年呈上升趨勢(見圖),到這個月累計發表60篇。這標志著中國學者在相應的學科領域的學術地位在逐步上升。

 

 

      我本人在Nature Reviews系列刊物發表過2篇論文。一篇是賈偉教授牽頭,我參加了部分工作,2008年發表在Nature Reviews Drug Discovery上面;另一篇是我獨立撰寫,2013年發表在Nature Reviews Microbiology上面。

 

       Nature Reviews系列刊物一般是由編輯發現和確定選題,然后邀請該方向的權威學者撰寫綜述。當然,也有作者自己把設想報給編輯部,經過編輯同意以后撰寫發表的。2008年與賈偉教授合作的綜述是我和他與帝國理工的Nicholson教授多次聊天形成的設想,即把腸道菌群作為一個藥物的靶標,進行新藥的開發。后來,賈教授把這個思路整理以后,與Nature Reviews Drug Discovery的編輯聯系,對方表示感興趣,然后開始撰寫、投稿、修改,最終發表的。(http://www.nature.com/nrd/journal/v7/n2/abs/nrd2505.html) 

 

       2011年5月底,我在美國微生物學會111屆年會開幕式上做了大會報告,Nature Reviews Microbiology (NRM)的編輯Andrew Jermy在會場上聽了以后,對我講的用“全微生物組關聯分析”尋找與肥胖等慢性病有關系的腸道細菌的內容很感興趣。會后,他發來電子郵件,問我是不是愿意寫一篇關于用高通量測序和全微生物組關聯分析研究腸道菌群與肥胖等慢性病關系的綜述。接到這個邀請,我的確小小興奮了一下,感覺這是一個很好的機會。當然,也同時感到挺有壓力,要寫好,的確不容易。答應了Andrew以后,我就開始收集資料和構思文章。特別是絞盡腦汁,提煉文章的核心觀點。期間看了大量的文獻,也與我們組的老師和同學做了大量討論,但是,那個令人看了能興奮起來的觀點似乎就在離我不遠處,可就是千呼萬喚不出來。無論是NRM的刊物本身的定位,還是我自己對這篇綜述的要求,都是很高的:要站在學科最前沿,為未來5-10年的發展方向提出自己獨到的見解。我希望這篇綜述讓任何同行讀了,都有新的收獲,不但對原有的科學證據產生新的看法,而且對下一步如何繼續深入探討本領域最重要的問題:“腸道菌群結構變化與肥胖等慢性病發生發展之間是否存在因果關系”——能夠產生全新的研究思路。

 

       這樣的定位,決定了其產生過程必然是很艱難的。一開始,用類似“全基因組關聯分析(GWAS)”的方法做“全微生物組關聯分析(MiWAS)”的觀點是很新穎的,但是,這種研究策略依然只能解決哪些腸道細菌種類與肥胖的發生有關聯,并不能為解決“先有雞,還是先有蛋”的因果關系問題提供太多幫助。當時,已經有不少用這種策略做出的高水平的論文,如果僅僅對它們進行綜述,是比較容易的。不過,對于下一步如何發展,可能很難提出有震撼力的新思路和新觀點。而且,我們實驗室做的僅僅依靠測序來做相關分析的文章并不多,這就勢必導致我的綜述是以他人的論文為主,自己的工作引用并不多的局面,這是我不愿意看到的。

 

      在這兩個想法的驅使下,我開始和Andrew商量,把文章的思路從用高通量測序做關聯分析提高到討論如何研究腸道菌群與肥胖病的因果關系層面上來。對于這樣的改動,他是認可的。那時候,我們已經發現,從一個重度肥胖癥患者體內分離的一株條件致病菌在無菌動物模型中可以引起肥胖癥狀,我希望把這個工作發表以后寫到綜述里面;另外,我們做了123個肥胖志愿者的營養干預臨床試驗,結果表明,改變腸道菌群與癥狀改善是有關系的,因此,也希望這個結果能發表以后放到綜述里面。所有這些想法,Andrew都表示理解,當然,這樣就會推遲綜述的發表時間。我并不急著發這篇綜述,我希望自己好好用功,把它寫成一篇經得起時間考驗的綜述,也希望這篇綜述能把我們的主要工作都引用上,介紹給世界同行。

 

      我們從肥胖病人腸道里分離到一個過度生長的病菌,接種給無菌鼠,可以復制出肥胖的典型癥狀的研究,其實遵循了研究傳染病病因的“科赫法則”,確認了人的腸道里的確有能引起肥胖的細菌的存在。這雖然只是一個案例研究,但卻為研究腸道菌群與肥胖這樣的慢性病的關系提供了一個新的思路:我們可以像研究一種傳染病的致病因子那樣,從腸道里面分離和研究慢性病的致病因子。由于科赫法則是證明一種病菌與一種疾病之間因果關系最強的“邏輯法則”,如果我們的研究能滿足這套法則的要求,我們提出的證明腸道細菌可以引起肥胖的證據就是最有說服力的。因此,經過將近一年的掙扎,一個有震撼力的新觀點終于清晰地展現在我的面前了:按照科赫法則的邏輯結構,對現有的證據進行整理,然后,再提出,為了證明腸道菌群與肥胖病的因果關系,還需要繼續做哪些工作。這樣一個觀察問題的角度和框架,在腸道菌群與慢性病關系研究領域是沒有人明確提出過的。因此,在我們按照這個思路研究的主要論文發表以后,我也終于把寫了足足有20稿的綜述交給了編輯Andrew。他看了以后,告訴我,他很喜歡讀我這篇東西,并給我提出了很多非常好的修改建議。就在我進行修改的過程中,Andrew告訴我,他調到Nature本刊去工作了,我的綜述由NRM的主編Sheilagh Molloy繼續負責編輯。和Sheilagh的合作同樣是非常愉快的。經過幾個月的努力,稿子終于送去審稿了。2013年4月23日審稿意見回來了,共有3位審稿人提出了修改意見。總的來說,大家還是很認可文章的寫法的,其中一位評價說:該文章把已經被很多綜述用過的文獻以一個獨特的思路重新組織起來,令人耳目一新。當然,大家也提了很多修改意見。我對照他們的意見,逐條進行了修改,如果不同意審稿人的說法,就給予詳細的解釋。文章經我修改以后,NMR的一位文字編輯又對文章做了非常細致的修改。當然,每一處修改,哪怕只是一個標點符號,我都仔細核對,看是否能接受。最后,論文里的兩幅圖,也經過美術編輯的重新繪制變得漂亮多了。7月30日,Sheilagh告訴我,論文已經簽發了,將會在8月5日上線,并在9月這一期出版。(http://www.nature.com/nrmicro/journal/v11/n9/abs/nrmicro3089.html) 

 

      8月5日,論文上線后一個小時,Sheilagh把pdf版發給我了。看著這篇文章,仔細地讀著每一個似乎已經讀過無數遍的字,有一種無法抑制的喜悅從心頭升起。看著這篇令我嘔心瀝血了2年多才發表的文章,有一種看到孩子出生的神圣感。

 

      在NRM發這篇綜述,一切都起因于在美國微生物學會年會的大會開幕式報告。NatureReviews系列刊物的編輯每年都會參加很多學術會議,把握前沿動態,發現新的選題,邀請寫綜述的專家。

 

       隨著越來越多的中國學者在國際會議上做報告,相信,他們的研究課題會更多地得到這些編輯的關注,從而被邀請寫相關的綜述。當然,如果你自認為有很好的選題,你可以直接與編輯聯系,問他們是不是感興趣。就像賈偉教授那樣的毛遂自薦,也是發表高水平綜述的好路子。

 

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